Все это очень обострило отношения правительства к Запорожью в конце 1760-х гг., а к этому еще присоединилась война с Турцией, поводом к которой послужило якобы нападение запорожцев на пограничный турецкий город Балту. Запорожцы тоже были сильно замешаны в выступлениях в Западной Украине, и русское правительство, помогая польской шляхте подавить гайдамацкое восстание, последовательно должно было придавить и Сечь, из которой выходили гайдамацкие отряды в польскую Украину. Одновременно шли жалобы на запорожцев от русских властей на все те неприятности, какие чинили сечевики Новороссийской губернии, прогоняя и сманивая поселенцев в свои слободы. Российское правительство решило уничтожить Сечь. Однако оно боялось какого-нибудь опасного движения и поэтому повело дело в большом секрете, исподволь, чтобы захватить запорожцев неподготовленными. По окончании турецкой войны, в 1775 г., секретно были разосланы военные команды в запорожские степи, чтобы отобрать оружие у запорожцев, находившихся на промыслах, а летом генерал Текели с большим войском вошел в запорожские земли под личиной благоприятеля, занял войсками запорожские «паланки» (округа) и неожиданно осадил Сечь. Выстроив перед ней свою артиллерию, он 5 июня известил сечевиков, что Сечь не должна дальше существовать, запорожцы должны сдаться, покинуть Сечь и разойтись, если не хотят, чтобы русские войска обратили против них свое оружие. Такая неожиданность обескуражила запорожцев; они не знали, что предпринять. Многие ни за что не хотели сдаваться и рвались биться с царским войском. Но Калнишевский со старшиной и сечевое духовенство стали их уговаривать покориться, потому что московской силы им все равно не одолеть.
Запорожцы сдались. Сечь была разрушена, и 1 августа царский указ возвестил ее конец «с уничтожением самого имени запорожских казаков». В указе пространно излагались причины такого неожиданного распоряжения, но при этом его составители не позаботились устранить противоречия в этой мотивировке.
С одной стороны, выставлялось соображение, что запорожцы, уклоняясь от хозяйственных занятий и семейной жизни, задерживают свой край в диком состоянии, не позволяя развиваться в нем хозяйству и торговле; с другой стороны, в вину запорожцам ставилось, что в последнее время они стали отступать от прежних своих обычаев: заводить свое хозяйство, поселили в своих краях до пятидесяти тысяч земледельческого населения. Они обвинялись в том, что заводя свое собственное земледелие, ослабляют свою зависимость от Российского государства, так как могут пропитаться продуктами собственного хозяйства и стать вполне независимыми «под собственным своим неистовым правлением».
Еще более удивительным являлось то обстоятельство, что старшины, уговаривавшие запорожцев не сопротивляться, а покориться царской воле, были арестованы и разосланы по монастырям в тяжелое заточение. О них долго даже ничего не было известно: считали их погибшими. Затем выяснилось, что Калнишевского отправили в Соловецкий монастырь и он прожил там еще целых двадцать пять лет в одиночной келье-тюрьме, не видя человеческого лица. Богомольцы, видевшие его в первые годы XIX в., рассказывали, что его выпускали из одиночного заключения лишь три раза в год в монастырскую трапезную. Он расспрашивал богомольцев, кто теперь царем и все ли хорошо в России. Но стража не позволяла ему много говорить. Он высох от старости, был совершенно седой, одет по-казацки в синий жупан с двумя рядами мелких пуговиц. Умер в 1803 г. на 112 году жизни. Раньше его, в 1790 г., умерли войсковой писарь Глоба, сосланный в один из северных монастырей, и судья Павел Головатый, заточенный в Сибири, в Тобольском монастыре.
Огромные имения были розданы в запорожских владениях разным лицам. Сечевикам же предстояло быть поверстанными в пикинеры или в мещане и крестьяне. Потемкин доносил императрице, что все это уже улажено: одни запорожцы поселились в городах и селах, другие записались в пикинеры, и из них набрано два полка; из конфискованного старшинского имущества образован капитал для помощи поселенцам и пр. В действительности было иначе. Большинство запорожцев не желало превращаться ни в пикинеров, ни в земледельцев и решило идти по стопам их предшественников из первой Сечи - переселиться в Турцию. Старый запорожец Микита Корж рассказывал позже, как сечевики ухитрились тогда «москаля в шоры убрать». Так как Запорожье, все дороги и границы были заняты царскими войсками, то запорожцы стали проситься у Текели на заработки на Тилигул. Получали паспорта на 50 человек, а набирали с собой по несколько сот и уходили за границу. Таким путем скоро большая половина запорожцев ушла на турецкую территорию, так что летом 1776 г. этих запорожцев на Тилигуле и под Хаджи-беем собралось до 7000, и они начали селиться здесь под Очаковом.
Когда узнали об этом в Петербурге, там это вызвало большой переполох; к запорожцам стали посылать разных агентов, уговаривая их возвратиться, а одновременно требовали от турецкого правительства выдачи запорожцев. Но и запорожцы не хотели возвращаться, и турки не желали их выдавать.
Чтобы Россия оставила запорожцев в покое, султан велел отвести им земли для поселения у Дунайских гирл; но запорожцы не очень спешили уходить туда и еще несколько лет жили около «обоих лиманов». В 1778 г. они были формально приняты под турецкую власть, им позволили заложить Сечь, жить и промышлять свободно, с обязанностью служить султану пешей и конной службой. Но так как российское правительство добивалось, чтобы их не держали возле российской границы, то султан велел силой перевести их за Дунай. Это очень не понравилось запорожцам, и некоторые стали возвращаться Россию. Потемкин, чтобы удержать сечевиков и других людей от побегов за границу, решил возобновить запорожское войско под названием Черноморского войска и в 1783 г. поручил Антону Головатому, Чепиге и другим запорожским старшинам призывать охотников в новое войско. К этому войску присоединилась теперь и часть ушедших за границу запорожцев.
Другие обратились к императору Иосифу II с просьбой принять их под свою власть; их приняли, разрешили основать Сечь в австрийских владениях, в Банате, низовьях Тиссы, и в 1785 г. восемь тысяч запорожцев перешло туда; однако долго они там не оставались и скоро снова снялись с места; куда направились они на этот раз, об этом не имеем известий: можно догадываться, что одни возвратились в Турцию, другие ушли в Россию.
В Турции запорожцев поселили сначала в Сейменах, затем позволили заложить кош на Дунайском устье, около Дунавца, где раньше жили великороссийские переселенцы казаки-некрасовцы, которых запорожцы теперь прогнали отсюда. В России же после окончания турецкой войны, в которой новое Черноморское войско оказало России большие услуги, в 1792 г. для поселения было отведено устье Кубани и земли между Кубанью и Азовским морем. Запорожцам было разрешено возобновить прежнее сечевое устройство - войсковое управление, кош, курени, числом сорок; пожалованы были новые клейноды, позволено судиться своим судом, свободно и безданно промышлять всякими промыслами. Всего в этом Черноморском войске насчитывалось тогда 17 тысяч казаков, и они положили начало украинскому заселению кубанских земель. Первым черноморским кошевым был Харько (Захар) Чепига.
Задунайская Сечь держалась до 1828 г. Жилось ей в Турции в общем недурно, только запорожцев мучила совесть ввиду того, что им приходится помогать басурману против христиан. С другой стороны, русские власти не переставали соблазнять этих дунайских запорожцев возвратиться в Россию - через разных родственников, знакомых и т. п. Время от времени большие или меньшие партии этих дунайских запорожцев действительно переходили в Россию, но это все были сравнительно небольшие отряды. Лишь в 1828 г., когда началась война Турции с Россией, тогдашний кошевой Осип Гладкий задумал перевести задунайцев в Россию целиком; он распустил слухи, что турки хотят переселить запорожцев как можно дальше от российской границы - в Египет. Ввиду этого он подговаривал запорожцев к возвращению в Россию, но так как не все соглашались на это, то Гладкий, не открывая своего намерения, вышел с войском якобы в поход против русских войск и только на российской границе открыл запорожцам, что идет отдаться на сторону России. Возвращаться было невозможно. Прибыв к российскому войску, Гладкий явился к императору и заявил, что отдается под его власть. После этого он со своим полком принимал участие в кампании против турок, а после войны выбрал для поселения своего войска Азовское побережье, между Бердянском и Мариуполем, и здесь это небольшое «Азовское войско» жило до 1860 г., когда его переселили на Кубань. Эти действия Гладкого навлекли большие бедствия на запорожцев, оставшихся на Дунае. Турецкое правительство упразднило войско, разрушило кош и расселило задунайцев по разным местам. Говорили, что при этом много их было убито. Горько проклинали дунайцы Гладкого.
Уничтожив Запорожскую Сечь, правительство приступило к окончательной ликвидации Гетманщины. Осенью 1780 г. царским указом было объявлено, что в Гетманщине будет введено такое же губернское управление, как и в России. Уже раньше, при формировании Новороссийской, а затем Азовской губернии, в состав их был включен соседний Полтавский полк и часть Миргородского. Теперь же вся Гетманщина должна была реформироваться в российские губернии, и Румянцеву было поручено разработать план этой реформы. На следующий год были уничтожены малороссийская коллегия, генеральный суд, центральные войсковые и полковые управления; Гетманщина была разделена на три наместничества: Киевское, Черниговское и Новгород-северское, назначены наместники и учреждены суды и палаты по российскому образцу: на место войскового суда палаты уголовные и гражданские; в каждой губернии вместо прежних судов городских и земских суды уездные; вместо войскового скарба - казенные палаты; для дел городских - губернские магистраты и т.д. Малороссийская коллегия и войсковой суд оставлены были временно только для окончания незаконченных дел; полковые канцелярии оставлены для военных нужд полка впредь до реформы полкового устройства; также разные учреждения, которые замещались выборными дворянскими депутатами, должны были еще ждать дальнейших распоряжений касательно «разбора дворянских прав» украинской старшины.
Дальнейшие распоряжения только довершили это переустройство украинских порядков по имперскому образцу. В 1783 г. отменена была казачья служба и казачьи полки: они заменены были карабинерскими полками, как раньше слободские полки были заменены гусарскими. Полковники были освобождены от службы с производством в бригадирский чин; прочей старшине предоставлено, по ее желанию, служить в новых регулярных полках или отказаться от службы; казаки сохранялись, как особый разряд военно-служебного свободного крестьянства, из которого комплектовались эти новые полки. Все прочее крестьянство приравнивалось к крестьянству империи. Уже перед тем, в 1763 г., российское правительство издало указ против свободного перехода крестьян, находя его вредным для их благосостояния, так как вследствие этих переходов крестьяне не могут вести успешно своего хозяйства; ввиду этого на будущее время воспрещалось переходить от одного помещика к другому без письменного согласия своего помещика. Этим указом помещики воспользовались для того, что укрепить и увеличить свою власть над крестьянами, а крестьяне, обеспокоенные этими мерами к окончательному закрепощению, еще в большем числе начали переходить и убегать от своих помещиков. Тогда указом 1783 г., при введении нового обложения на Украине, крестьянам было уже совершенно запрещено выходить из того поместья, где их застала ревизия - чтобы не было путаницы в казенных сборах. Этим завершилось закрепощение украинского крестьянства; оно было подведено под «общие государственные постановления» - под те законы, на которые опиралось тогдашнее крепостное состояние в империи.
В том же году украинские города были уравнены с московскими городами, а старшина украинская с московским дворянством. Указано, какие войсковые чины и должности дают права дворянства, и таким образом старшина резко отделена была от рядового казачества в качестве особого сословия. Наконец всякого рода ограничения церковной автономии завершены были в 1786 г. отобранием монастырских и епископских поместий; для монастырей введены были штаты: было указано, сколько монахов должно быть в каждом и какое содержание назначается ему из государственного казначейства, а монастырские поместья отобраны были в казну.
Молча приняло украинское общество это окончательное упразднение старого строя. Некоторые стороны новой реформы - как признание дворянских прав или окончательное закрепощение крестьян - могли даже нравиться старшине; многие жадно ожидали при этом упразднении разных наград и пожалований всем правительственно-послушным и старались попасть на открывшиеся новым строем должности, стремились к чинам и богатому жалованью, как предвидела императрица. И эта старшинская аристократия понемногу забывала свою старую Гетманщину, утешаясь богатством, какое приносил им обеспеченный новыми порядками крепостной труд, или же, вздыхая по старине, тем не менее старательно заботилась о служебной карьере в новых условиях, у нового начальства. И действительно, как рассчитывала Екатерина, среди этой погони за карьерой испарялись старые стремления к вольности, к политическим правам.
Только украинский народ не находил себе утешения в своем крепостном рабстве. Правительство обещало ему с новыми порядками свободу от старшинских беззаконий, от «малых тиранов» - помещиков, а на деле эти новые порядки упрочили с небывалой до того силой безграничную власть помещиков над крестьянином.